Отец Шуберта Франц Теодор был учителем муниципальной школы. Его мать до замужества работала поваром в одной венской семье. Франц был тринадцатым ребенком. Всего в семье родилось пятнадцать детей и только пять из них дожили до одного года.
В пять лет Шуберт получил первые уроки музыки от отца, в шесть он начал посещать школу. В октябре 1808 года он был принят в Конвикт, придворную капеллу, в качестве певчего. Его музыкальное образование было интенсивным. В дополнение к урокам композиции у Сальери и Ружички он пел солистом в хоре, изучал инструментальные произведения Моцарта и Гайдна, исполнял партию первой скрипки в школьном оркестре.
В его семье существовал обычай играть квартетом воскресными вечерами. Его отец исполнял партию виолончели, Франц играл на альте, а его братья – на скрипках. В скором времени проявился композиторский талант Шуберта.
Когда его успехи в школе пошли на убыль, Шуберт отказался от возможности продолжать образование и вернулся домой в октябре 1813 года. После посещения института учителей он начал работать в качестве ассистента своего отца, продолжая занятия с Антонио Сальери до 1816 года.
В 1815 году Шуберт сочинил огромное количество новых произведений. В этот период, работая учителем, Шуберт завершил две симфонии, две мессы, три оперы (и еще две не закончил), струнный квартет, четыре сонаты, несколько композиций для фортепиано, а так же около 150 песен.
Ощутив несовместимость его педагогической деятельности с сочинением музыки, он предпринял несколько бесплодных попыток утвердить свои позиции как композитор. В это период его друг Шпаун познакомил его с Францем фон Шобером, по настоянию которого Шуберт оставил свой учительский пост и прожил следующие 8 месяцев в его доме.
Шуберт постоянно испытывал острую нехватку средств к существованию. Публичные выступления не приносили дохода, а у издателей его произведения не вызывали интереса. Его друзья, которыми были братья Купельвизер, его либреттист Йозеф и художник Леопольд, старались оказывать ему финансовую поддержку. В 1818 году граф Эстергази пригласил Шуберта в качестве учителя музыки в Жельезовце. После своего возвращения в Вену, Шуберт был вынужден два года жить в доме своего друга Иоганна Майрхофера. В течение следующих лет Шуберт сочиняет меньше, но в его сочинениях проявляются новые черты стиля. Воодушевленный успешными выступлениями и улучшением продаж в 1821-1822 годах Шуберт пытается устроиться композитором в театр, однако опять терпит неудачу. В январе 1823 года он заболел сифилисом. Осенняя госпитализация принесла небольшое улучшение, однако уже следующей весной болезнь ухудшилась, усугубив депрессию.
С 1826 по 1828 годы Шуберт проживает в Вене, лишь ненадолго посещая Грац. Его не приняли на пост вице капельмейстера имперского придворного оркестра, на который он пытался устроиться в 1826 году. 26 марта 1828 года он дал единственный публичный концерт в своей карьере, принесший ему солидный доход, которого он так долго ждал. В эти годы были изданы несколько его песен и фортепианных произведений.
19 ноября 1828 года Шуберт скончался в доме своего брата Фердинанда. Причиной смерти мог стать сифилис или брюшной тиф. Шуберт был похоронен на кладбище Währinger. В 1888 году его прах был перенесен на кладбище Zentralfriedhof в Вене.